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当部門では広い意味での原子核の理論的研究と素粒子の理論的研究を行っている。前者では,主に原子核構造を理論的に研究すると共に,その成果を天体物理学等に応用する。原子核構造の研究では,量子力学的多体問題の手法を用いた無限に大きい仮想的な原子核の研究に重点を置く。またそれと関連して,中性子星の内部構造の研究等を行う。後者では,素粒子物理学の理論的研究を行う。この主題と関連して,素粒子の標準理論とそれを超える物理の現象論的研究,重力や超対称性を含む素粒子統一模型の研究を取り入れる。またメゾスコピック系の量子力学,確率過程量子化,量子力学の基礎理論及び観測問題の諸問題の研究を行う。